征东大都督府下，则设八司，分别是：

参谋司，负责整理军事情报，并以此为根据，进行分析推演，并给出意见和建议。

军法司，是军队内部的理法裁决机构，负责对在职军人违法违纪事件的裁定，若是现役军人在请假期间违反了地方法律，也是要先交由军法司处置的。

军令司，负责大都督府所有命令文书及时下派送达，并负责保障军令正确顺利进行。王伦交给了这个部门另一个任务，就是养信鸽。

军务司，负责各部队、各兵种武器装备的采买和品质检查监督。

军训司，负责各部队日常军事技能操练，并对训练成果进行考核评判。

后勤司，负责军队武器、被服、衣甲、粮草、车辆等的运输保养，以及火头军也就是炊事兵的驻派等。

军情司，负责对天下各地地形的测绘、各地天文地理水文道路情况、民风民俗等的收集调查，以及各地军事情报的收集等。

侦骑司，只对王伦本人负责，职责只有一项，监视内部动向。

除了二府六曹八司之外，王伦又设置了三司，即监察司，专门负责对各曹和各项事务的开支审计以及对官员的督察等。

他特意设了另两个部门，安民司，类似于后世的民警，组建了一支 “民警”队伍，负责巡逻街道，处理民间的民事纠纷；城管司，安排人员的守夜、打更、街道清扫、市容维护等。

王伦的这一番制度改革，其实就是将大宋朝本就有的许多职司重新厘定，又将一些并无法定、但地方上已经通用的制度规范化。

先前梁山的“头领、头目、小头目、喽啰”的这一套职级，已经不适合了，王伦也重新做出了调整，改为“将、校、尉、士”，仍旧四级，属于暂用条例，以后还是会继续修改的。